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山东大学致力于培养富有创造力的优秀人才，大力实施“一个学生、两个导师、三种经历”的研究生培养新模式，实行新的研究生培养模式以来，山东大学博士生培养质量和创新能力不断提高，获奖博士论文明显增多。
这一新的研究生培养模式具有三个鲜明特征：一是，个性化培养与重点培育相结合。新的研究生培养模式中的“一个学生”即对研究生特别是博士生实行个性化培养。为此，山东大学根据博士生的特点重新修订培养方案，采取了一系列改革措施，强化对博士生创新能力的培养。山东大学“优秀博士生培育计划”重点支持培育具有创新潜质、有望取得突破性研究成果的优秀博士生，并专门设立“优秀博士研究生培育基金”，保证优秀博士生培育计划的实施。山东大学还设立“优秀博士学位论文奖”、“山东大学优秀博士学位论文指导奖”和“优秀人才培养奖励基金”，每年进行山东大学优秀博士学位论文的评选，对获得全国、山东省和学校优秀博士学位论文奖的作者及其指导教师进行表彰和奖励。
二是，双导师制培养研究生。实行双导师制培养研究生，是山东大学研究生教育改革的重要举措。双导师制是指由指导教师和合作导师为主共同组成的导师组负责制度，合作导师包括校内跨学科合作导师、企业或政府机构合作导师、国内大学或科研机构合作导师、海外高水平大学合作导师。为顺利推行研究生培养的双导师制，山东大学着力建设三支博士生导师队伍：校内博士生导师、兼职博士生导师、合作博士生导师；进一步修订了《山东大学遴选博士生指导教师实施细则》，出台了《山东大学研究生合作导师遴选办法》，提高了博士生导师的上岗标准和招生条件，加强对新任博士生导师的岗前培训；积极探索导师遴选制度改革，开展了导师资格认定试点工作。自2006级博士生开始，山东大学要求每位博士生导师至少有1名研究生实行双导师培养，积极鼓励进行跨专业、跨学科的联合授课与合作指导，提高研究生理论与实践相结合的能力。2007年，山东大学第一批聘任的66名博士生合作导师已经上岗。
三是，大力推进研究生“三种经历”。 围绕培养创新型人才这一根本目标，山东大学大力推进研究生“三种经历”，即海外学习经历、第二校园经历、社会实践经历。目前山东大学共有377名研究生(其中222名博士生)获得海外学习经历，170多名研究生获第二校园经历，建设校外实践基地25个。自2005年起，山东大学每年设立“研究生海外留学基金”，重点资助优秀研究生特别是博士研究生以联合培养的方式到国外一流大学学习和交流，并支持研究生参加国际学术会议和国际暑期学校。2006年底，山东大学专门出台《山东大学中外联合培养研究生实施办法》，鼓励优秀研究生特别是博士研究生利用各种形式，以联合培养的方式到国外从事课程学习或科学研究。研究生访学是山东大学大力实施研究生培养模式创新的重要举措之一。其中，以研究生访学为主要方式的“第二校园经历”自2004年启动以来，山东大学与厦门大学、武汉大学及中国科学院、中国社科院等高校和科研院所建立研究生访学制度，效果良好。每年设立“研究生国内访学基金”，资助博士生到相应重点学科、重点实验室进行课题研究和学术交流。山东大学积极拓展研究生的社会实践经历，加强与地方政府、大型企事业单位合作，建立了以信息、工程、管理、医药卫生等为主的研究生培养基地，组织博士生科技服务团赴山东省各地市开展科技服务、医疗援助和文化服务等活动，并围绕企业存在的技术难题，开展项目攻关。截至目前，山东大学已经建立了25个校外实践基地。
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